第二次世界大戰(zhàn)前夕，一名普通的陸軍士兵（龜梨和也 飾）因幫助同伴而毆打長官，隨后被軍事法庭判處死刑。關鍵時刻，名叫結城（伊勢谷友介 飾）的神秘男子突然出現(xiàn)，并將之吸納進專門培養(yǎng)間諜的秘密部門——D機關。歷經(jīng)層層考驗，青年終于得到第一項任務。不久前某猶太科學家遭到暗殺，而他記載著最新式武器設計圖的黑色筆記據(jù)說落入美國大使埃內斯特·格雷厄姆（Richard Moss 飾）手中。青年化名嘉藤次郎來到了被稱為魔都的城市，伺機盜出筆記。與此同時，英、蘇、德等國的特工也聞風而動，頂峰的間諜大戰(zhàn)即將展開…… 　　本片根據(jù)柳廣司的同名系列小說改編。